Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Ternate pada mulanya adalah Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin di Ternate. Ide mendirikan Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Ternate berkaitan erat dengan latar belakang sejarah kehadiran IAIN sebagai Lembaga Pendidikan Tinggi Agama Islam yang mengemban amanah di dalam penyebaran Agama Islam di daerah Maluku Utara, Maluku, dan Papua sebagaimana dulu telah dilakukan oleh Kesultanan Ternate yang terkenal amat gigih dalam upaya penyebaran Islam dengan kekuasaannya yang luas, tidak saja terbatas di daerah Maluku melainkan juga di Sulawesi, bahkan sampai ke Philipina dan sebagainya.

Universitas Halmahera (UNIERA) Tobelo merupakan perguruan tinggi yang bertumbuh kembang melalui suatu proses sejarah dan dimulai dari sebuah Akademi Teologi yang didirikan pada 1 September 1967 di Ternate oleh Gereja Masehi Injili di Halmahera (GMIH). Perkuliahan perdana dimulai 28 Januari 1968 dan momen inilah yang kemudian diperingati sebagai hari ulang tahun lembaga.

Universitas Khairun disingkat sebagai UNKHAIR adalah sebuah perguruan tinggi negeri yang terdapat di Kota Ternate, Maluku Utara, Indonesia